Biyoloji biliminin alt dallarından olan filogeni, türlerin evrimsel süreç içerisindeki gelişimini, türlerin birbirleri arasındaki akrabalık ilişkilerini inceleyen bilim dalına verilen addır. Taksonomi çalışmaları filogeni biliminin ana konusunu oluşturur. Filogenetik alanında yapılan çalışmalar yaşamın köküne doğru giden yolu anlamada bize ışık tutarlar. Filogenetik çalışmalar sırasında birçok çıkarım yönteminden faydalanılır. Bu çıkarımlar vasıtası ile de türlerin kalıtımı hakkında bilgi sahibi oluruz. Bu çıkarımlar RNA’yı, DNA’nın yapısını ve dizilimini, canlıların morfolojik özelliklerini, hücre proteinlerinde bulunan aminoasitleri ve onların dizilimini anlamamıza yardımcı olur.
Filogenetik ağaç olarak da bilinen filogeni sözcüğü ilk defa bugünkü anlamı ile Alman doğa bilimci ve filozof Ernst Hackel tarafından kullanılmıştır. Filogeni çalışmalarında moleküler filogenetik ve morfolojik filogenetik olmak üzere iki bilim dalından yararlanılır. Moleküler filogenetik çalışmalarında DNA, RNA, proteinlerin yapısını oluşturan amino asitler, nükleotidler öne çıkan kavramlardır. Bu kavramlar ile ilgili olarak elde edilen bilgilerin ışığında türlerin tarihçesi anlaşılmaya çalışılır. Morfolojik filogenetik ise canlıların birbirleri ve çevreleri arasındaki ilişkileri göz önünde bulundurur. Türler arasında var olan benzerlikler incelenir. Geçmiş dönemlere ait fosiller ile günümüzdeki canlılar arasındaki benzerliklerin belirlenmesi işi bu bilimin ana çalışma sahasını teşkil eder.
Farklı türlerin morfolojilerindeki uyarlanabilir değişiklikler üzerine yaptığı çalışmalarla evrim kavramını ortaya atan Charles Darwin filogenetik alanda yapılan çalışmalardan faydalanmıştır.
Filogeninin temelinde, bilim camiasında evrensel olarak kabul edilen, farklı türlerdeki bitki veya hayvanların ortak atalardan türediği önermesi yatmaktadır. Bununla birlikte, bu tür ilişkilere dair kanıtlar neredeyse her zaman eksiktir, çünkü şimdiye kadar yaşamış türlerin büyük çoğunluğunun nesli tükenmiştir ve fosil kayıtlarında nispeten az sayıda kalıntı korunmuştur. Bu nedenle filogenilerin çoğu hipotezdir ve dolaylı kanıtlara dayanır. Farklı filogeniler genellikle aynı kanıtlar kullanılarak ortaya çıkar. Bununla birlikte, yaşam ağacının daha önceki atalardan gelen organik soyun bir sonucu olduğu ve gerçek filogenilerin en azından prensipte keşfedilebilir olduğu konusunda evrensel bir mutabakat vardır.
